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Eosipterus ha sufrido de una posición variable entre los pterosaurios que primero se pensó que eran similares a Pterodactylus, luego se pensó que había sido miembro de los ctenochasmidos que se alimentaban por filtración, tal vez como Gnathosaurus, para finalmente ser declarado similar a Germanodactylus. La fisiología general de Eosipterus es bastante robusta, especialmente las alas. Lo interesante de Eosipterus es cómo las patas son proporcionalmente más pequeñas que otros pterosaurios con un peroné reducido. El quinto dedo del pie también está representado solo por una garra, con las garras de los otros cuatro dedos curvados.
Estas adaptaciones pueden sugerir que Eosipterus no pasó mucho tiempo en el suelo, y puede haber estado más en casa entre los árboles. Las garras curvas se podían usar para agarrar la corteza, las patas que no se usaban para la locomoción terrestre se subdesarrollaron y las alas, que eran más robustas, podrían resistir cepillos y raspaduras con ramas mientras Eosipterus volaba entre los árboles.
